どうしてもカテゴリ問題を解決したかったので色々調べていたところ、BLOG LAB.さんの所の記事に解決方法が書かれておりました。
「BLOGの設定」－「アーカイブの設定」で、Categoryの行の「アーカイブファイルのテンプレート」欄に以下の文字列を格納する事で”cat_1.html”,”cat_2.html”と云ったファイル名を生成することができるそうです。
cat_<$MTCategoryID$>.html
昔のカテゴリファイル（cat_e.html）についての扱い方法についてはこちらに掲載されています。
私の場合、面倒くさいんで削除するとは思いますが、参考までにどうぞ。
参考：BLOG LAB.：カテゴリーに変な名前がつくのを避ける方法

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